一亩二分地

在如今这个IT时代，数据库已经得到了广泛的应用。不用说“数字就是金钱”的金融界，要靠牺牲大量鼠类（或者其他动物，甚至部分人类）才能来为人类救死扶伤的制药界，哪怕是一个灌水的BBS、或者本站这样的博客杂志系统，都极大的应用了数据库技术。科学界也不例外，尤其像生物，化学这样数据极多的实验学科，数据库更是随处可见。

最近的Nature有一篇评论文章，题目为“The Database Revolution“（数据库的革命），点评的就是数据库在生物学里可能要经历的变革。生物学里，有很多著名的用到数据库的地方，比如人类基因库，蛋白质库，还有现在正逐渐完善和热火的代谢组库。这些数据库都有些共同的特征。最重要的一点就是，任何个别的研究组都不能独立的承担和完成这些项目。所以，从项目的一开始，就是决定了分工合作，然后建立了相应的数据库的分享和贡献机制。它们引申出的另一个特征就是，这些数据库都对公众开放，可以使后续的研究者从中得益。

当然，也有些小型项目能由个别实验组就能完成，比如一些细菌的基因库。尽管只有少数人对这些数据库做了贡献，这些研究者们往往也把它们予以公开。只不过这些数据库由于并未从最起初就采取公用的标准，所以就给今后的维护、扩展带来了一定程度的困难。这数据库其实在积累了一定数据之后，也就像博物馆一样，需要馆长（curator），来维护旧数据，增添新数据，甚至大规模的整理。（注：Curator一般作为博物馆长解，但是现在已常见于数据库管理者职位的描述，往往还都是博士学位。） 所以上段提到的Nature评论文章，也就是在关注这些由个别实验组支撑起来的数据库项目，既要使它们能发展下去，又要使它们能免费的为大众所用。

说了些生物数据库的情况，尤其他们这种公布于大众的义举，就再来一提化学数据库这个闭门造车的、只求金钱、专利的现实主义者。若要对这两个作比较，最好的例子可能就是前两年的Pubmed vs. ACS事件。Pubmed数据库源于生物方向，由于不可避免的要和化学物质打交道，就也准备开始收集小分子化合物的资料，而且必须要求这些资料免费共享。于是，这自然就触怒了靠这个起家并赚钱糊口的利益集团－－ACS手下的Chemical Abstracts Service。于是这两者就纷纷发起了一些活动，ACS还有一个强有力的论据：Pubmed怎么可以拿着纳税人的钱来和我们竞争。当然，这只是化学数据库的一个例子而已，还有各大化学公司手里掌握着的，连付钱都不一定让你见得的数据库。

这两种在生物界与化学界截然不同的情况，也就导致了生物信息学与化学信息学这两门学科不同的发展状况。比如大家可以看看bioinformatics和 cheminformatics这两者的招工情况（出自www.indeed.com），前者要远远大于后者。